تأسست جامعة تون حسين أون الماليزية (UTHM) في 16 سبتمبر 1993 كمركز تدريب متخصص، بهدف رئيسي هو تدريب وإعداد الكوادر الأكاديمية في الفنون التطبيقية والمجالات الهندسية المختلفة. في البداية، تم إدارة هذا المعهد التدريبي بشكل مشترك بين جامعة التكنولوجيا الماليزية (UTM) ووزارة التعليم الماليزية لضمان جودة التعليم والتدريب.
في 12 أبريل 1996، أعلن السيد سري محمد نجيب بن تون عبد الرزاق، وزير التربية والتعليم آنذاك، عن ترقية المعهد ليصبح معهد تون حسين أون للتكنولوجيا، مما عزز دوره في تطوير التعليم الهندسي والتقني في ماليزيا.
شهد المعهد خطوة مهمة أخرى في 27 سبتمبر 2000، عندما منحت الحكومة الماليزية المعهد درجة "الكلية"، تقديرًا لمساهماته في البحث العلمي والتكنولوجيا، ليصبح معروفًا باسم Kolej Universiti Teknologi Tun Hussein Onn (KUiTTHO).
ومع استمرار التطور الأكاديمي والبحثي، حصلت الكلية على مكانة جامعية في 20 سبتمبر 2006، وتم تغيير اسمها رسميًا إلى جامعة تون حسين أون (Universiti Tun Hussein Onn Malaysia - UTHM)، لتصبح واحدة من أبرز الجامعات الماليزية التي تقدم برامج البكالوريوس والماجستير والدكتوراه للطلاب المحليين والدوليين، مع التركيز على التخصصات الهندسية والفنية التطبيقية.